phpcms 手机网站模板,免费网页设计作品,全球邮邮箱登录,宣传推广导读#xff1a;火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调#xff0c;显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色#xff0c;可以创建双色或四色火山图#xff0c;从而更直观地突出感兴趣的数据点。 《Nature Communication》文章“Molecular and functional land…导读火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色可以创建双色或四色火山图从而更直观地突出感兴趣的数据点。 《Nature Communication》文章“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology”fig 4C的双色火山图中点的颜色不再表示上调或者下调而用深红色表示GO条目“DNA conformation change” (GO:0071103) 中的基因灰色表示其他基因。
1打开作图URL
微生信-在线绘制两种颜色或者四种颜色的火山图 2示例数据
点击图片上方的示例数据下载并使用excel打开。 示例数据包括两部分
第一部分是所有点的数据左侧
第1列是点对应的名字例如基因必需唯一
第2列是log2foldchange
第3列是p值或者FDR值
第二部分是待标注的点的名字右侧
名字来自第一部分的第一列即需要特别关注的数据点的名字中文提示不用拷贝
3输入检查
示例数据点击输入框下面的“示例”按钮将载入示例数据。
真实数据数据放在excel中调整好后CtrlA选中数据CtrlC拷贝CtrlV粘贴数据到输入框中。 然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤直到检查通过如下图所示然后可以继续选择参数。 注输入检查是新加功能它会根据不同模块的输入要求逐行逐列检查输入数据并给出提示确保数据符合模块输入要求。
4选择参数 图片大小设置了图片的宽度图片的高度
是否标注感兴趣基因的名字标注名字或者不标注名字建议点少的话标注点多的话不标注
字体大小设置了轴说明文字字体大小及轴刻度文字字体大小图例标题字体大小图例文字字体大小以及点上标注名字的字体大小
颜色设置了4种颜色。感兴趣点的颜色上调点的颜色下调点的颜色和不显著点的颜色。若上调、下调、不显著设置为同一种颜色则最终绘制双色火山图。若设置4种颜色均不同则最终绘制四色火山图。
颜色代表的类别名分别对应4种颜色。感兴趣点的名字上调点的名字下调点的名字和不显著点的名字。若绘制双色火山图则仅前两个名字起作用若绘制四色火山图4个框的名字都需要填写。
点大小设置了感兴趣点的大小和其他点的大小以及点的透明度。
X/Y轴范围
Y轴范围根据数据中p值来确定若存在0或者几个很高的孤立的点可以通过设置p的最小值将点拉下来即小于该值的p值被强行拉成该值。例如有一个点X的p值是1e-80点在Y轴80的地方而其他所有点都是1e-20以上点在Y轴20以下那么可以设置该值为1e-21把点X强行拉到1e-21附近。这样图片上不会有一个很孤立的点保持图片美观度。
X轴范围若都留空则后台根据数据范围自动设置X轴范围若都有数值则根据提供的数值设置X轴范围。
阈值p阈值代表水平线。Fc阈值代表两条垂直线默认是fc所以必须1
轴说明X轴说明文字其中log2()是后台自动添加Y轴说明文字其中-log10()是后台自动添加可以使用acrobat illustrator进行调整
字体设置了期刊杂志中最常用的两种字体Times New Roman和Arial。如需使用其他字体可以下载pdf或者svg图片然后使用acrobat illustrator进行编辑
5提交出图
检查通过并且参数选好后点击“提交”按钮约5s后会在页面上右侧显示双色或四色火山图。我们提供了pdf、svg两种矢量图png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图进行组图调整文字位置添加说明等操作以满足个性化需求。 下图为双色火山图不标名字。
注意选择标注名字时如果点很密则后台仅会标注比较离散的点不会全部标注。 微生信助力高分文章用户230000谷歌学术4600
