国家重大项目建设库网站打不开,wordpress高级设置,优化网站关键词的技巧,个人备案 网站名称 例子大家好#xff0c;这里是专注表观组学十余年#xff0c;领跑多组学科研服务的易基因。关于m6A甲基化研究思路#xff08;1#xff09;整体把握m6A甲基化图谱特征#xff1a;m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布…大家好这里是专注表观组学十余年领跑多组学科研服务的易基因。关于m6A甲基化研究思路1整体把握m6A甲基化图谱特征m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析2筛选具体差异m6A peak和基因差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示3m6A甲基化组学转录组学关联分析Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、m6A修饰目标基因的筛选策略4进一步验证或后期试验PSm6A、m1A、m7G等IP测序法的数据挖掘思路类似一、m6A甲基化图谱分析1m6A peak数量、m6A修饰基因数量的比较m6A peak数量能反应样本整体的甲基化水平。但峰数量差异不大并不能说明样本间甲基化图谱没有差异。肌肉发育不同阶段m6A总数和修饰的基因总数的变化不同组中检测到的m6A peak总数和m6A修饰基因总数的重叠分析2基因上m6A peak平均数量分析基因的m6A peak数量分布与差异比较3m6A peak在各基因元件上的分布不同基因组元件5’UTR、CDS和3’UTR的m6A甲基化水平分布规律不同。特别是在不同物种中基因元件的甲基化水平可能自身的特点。一般主要分布在CDS区和3‘UTR区(4) m6A peak的motif分析跟物种有关动物和酵母主要是RRACHR G or AH A,C, or U拟南芥和番茄主要是UGUAYYY A, G, U, or C鸡脂肪组织番茄果实5m6A修饰基因的鉴定和功能分析m6A修饰基因占所有基因的比例m6A修饰基因的组间重叠分析m6A修饰基因的功能分析二、差异m6A peak分析1非时间序列数据2时间序列数据3差异m6A peak关联基因的PPI分析4感兴趣基因的差异m6A peak展示三、组学关联分析m6A甲基化组学转录组学1Meta genes整体关联同一样本/组别内所有基因的表达水平与对应基因的m6A富集程度、m6A peak数量进行关联。组间的m6A peak变化趋势也可以关联。转录水平 vs. peak富集程度转录水平 vs. peak数量变化转录水平倍数变化 vs. peak倍数变化2DMG-DEG对应关联筛选m6A修饰的关键目的基因功能相关差异显著重叠分析九象限图四、进一步验证或后期试验简单验证全局m6A甲基化干扰实验非靶向验证m6A甲基化书否真的影响目标基因表达和细胞功能靶向目标基因的甲基化/去甲基化实验检测某区域m6A修饰是否真的影响目标基因的表达研究目标基因的m6A甲基化如何影响目标基因表达m6A修饰目标基因的表达回复实验研究特定m6A Readers通过结合目标基因RNA而影响目标基因的蛋白表达关于m6A RNA甲基化研究进一步验证或后期试验的下游实验设计详细内容敬请关注下期推送关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA结合高通量测序可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量总RNA起始量可降低至10μg最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域可应用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测。大样本量m6A-QTL性状关联分析传统MeRIP单个样品价格高通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术显著提成IP平行性实现不同样本间相对定量降低检测成本。易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序MeRIP-seqm6A甲基化-常量mRNA lncRNA甲基化测序lnc-MeRIP-seqm6A甲基化-微量mRNA lncRNA甲基化测序Micro-lnc-MeRIP-seq高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化测序MeRIP-seq2技术优势起始量低样本起始量可降低至10-20μg最低仅需1μg总RNA转录组范围内可以同时检测mRNA和lncRNA样本要求可用于动物、植物、细胞及组织的m6A检测重复性高IP富集重复性高最大化降低抗体富集偏差应用范围广广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。研究方向m6A甲基化目前主要运用在分子机制的理论性研究疾病发生发展肿瘤、代谢疾病如肥胖/糖尿病、神经和精神疾病如阿尔兹海默症/抑郁症、炎症…发育和分化早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化与命运决定、衰老环境暴露与响应污染、抗逆、生活方式易基因科技提供全面的RNA甲基化研究整体解决方案技术详情了解请致电易基因0755-28317900。相关阅读干货分享DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路独家分享高通量测序后的下游实验验证方法——DNA甲基化篇干货m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析项目文章 | 90天见刊易基因m6A RNA甲基化(MeRIP)转录组组学研究
