公司企业网站建设注意事项,小型广告公司简介模板,惠州做网站的公司,南京做网站南京乐识专心文章目录 前言一、如何使用TCGA数据库获取公共数据?二、使用步骤1.点击Cohort Builder2.数据筛选3. Repository4.数据下载4.1 继续选择筛选条件4.2 添加cart并进入4.3 下载 总结 前言
TCGA 全称 The Cancer Genome Atlas #xff0c;即癌症基因组图谱。它是一个大型的癌症研… 文章目录 前言一、如何使用TCGA数据库获取公共数据?二、使用步骤1.点击Cohort Builder2.数据筛选3. Repository4.数据下载4.1 继续选择筛选条件4.2 添加cart并进入4.3 下载 总结 前言
TCGA 全称 The Cancer Genome Atlas 即癌症基因组图谱。它是一个大型的癌症研究项目旨在通过对大量癌症患者的样本进行全面的基因组分析来深入了解癌症的发生、发展机制。TCGA 收集了多种癌症类型的样本包括肿瘤组织和正常组织并对这些样本进行了基因测序、基因表达分析、DNA 甲基化分析等多种组学层面的研究。TCGA数据库中包含了多种肿瘤类型的数据如乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肾癌等其中每个肿瘤类型的数据都是由不同实验室和机构采集和上传的数据涵盖了基因组、转录组、表观基因组和临床等多个层面可以用于基因组学、生物信息学和医学领域的研究和应用。
通过 TCGA 产生的数据科学家们能够发现新的癌症相关基因、了解癌症的分子亚型、探索癌症治疗的潜在靶点等这对于癌症的诊断、治疗和预防都具有重要的意义。 一、如何使用TCGA数据库获取公共数据?
url: TCGA数据下载挂网通过条件筛选过滤数据下载数据
二、使用步骤
1.点击Cohort Builder 2.数据筛选
我们这里以肺腺癌的数据下载为例: 注意: GDC只是一个数据存储网站因此不仅有TCGA的数据存储在这里其他项目比如 APOLLO等等的数据也都收录在GDC 条件添加完成之后我们就可以看到筛选到517个样本的数据
3. Repository
在program中点击more选择TCGA项目,在project中选择不同癌种项目类型,也可以根据列出的其他样本信息进一步筛选,筛选完成点击Repository
4.数据下载
4.1 继续选择筛选条件
进入Repository后进一步进行数据类型筛选Experimental Strategy选择RNA-seqData Type选择Gene Expression Quantification,然后点击Add All Files to Cart此时上方购物车图标会显示已将524个要下载的gene_counts文件加入购物车点击这个购物车图标进入下一个页面
4.2 添加cart并进入 4.3 下载
注意: 一般下载三个文件 – Cart,Clinical:TSV,Sample sheet Clinical文件解压后包含每个样本的临床信息Cart文件解压后即是对应每个样本通过star对比后的gene_counts文件一个样本一个文件夹sample_sheet文件包含对应Cart解压后文件夹和样本对应的信息 总结
以上就是TCGA数据库下载数据的基本流程了,关于TCGA差异分析可跳转进行观看!
