免费奖励代码网站,简约网站设计,iis 提示网站到期,太原网站优化推广GEO生信数据挖掘#xff08;十#xff09;肺结核数据-差异分析-WGCNA分析#xff08;900行代码整理注释更新版本#xff09;
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通过 前面十篇文章的学习我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了相较于原始基因数量这个列表的数量已经有了明显的缩小为了进一步确定Hub gene 需要借助两个工具。
使用STRING在线数据库进行PPI分析。
使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制。
STRING在线数据库进行PPI分析
https://cn.string-db.org/
STRING在线数据库STRING: functional protein association networkshttps://cn.string-db.org/
准备好自己感兴趣的gene list 整个这列复制一下STRING也支持导入文件。 STRING 操作第一步界面
看图有操作说明 也可以选择自动auto-select数量多的话点击SEARCH后第二步也会提示选择物种。 第二步的界面
可以看看基因没问题点击CONTINUE 第三步界面 出现结果 一般会用到 Settings 和Exports
Setting设置看图调整完毕后点击UPDATE更新结果。 结果导出
用Cytoscape自己调整图 导出TSV数据文件 使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制 TSV文件已经从STRING数据库中下载保存完毕。 安装Cytoscape 需要配置java环境
不同版本对应的java版本有要去本文使用Cytoscape3.10jdk-17_windows-x64_bin总计369M的压缩包链接: https://pan.baidu.com/s/19gjKs9w6TM2ylXxupA5ykw?pwd4p7y 提取码: 4p7y 复制这段内容后打开百度网盘手机App操作更方便哦
如果觉得百度盘慢评论区留下邮箱私发。 打开Cytoscape的界面 导入文件 设置列 初步图形生成
先删除孤立节点可以配合Ctrl 键进行操作 首先进行数据网络分析
选中数据Toolanalyze Network 可以再次观察下方的数据区域Node Table增加很多信息我们最关心的是degree列degree数据列值越大那么说明对应基因越重要有更多的基因连接到了目标基因。
基因样式设置
style - shape - 圆形 设置圆形的样式并勾选锁定节点的长宽 节点的大小设置
让节点的大小和degree 关联起来。 观察TP53基因大小明显改变且是最大的。
节点的形状太小把size 的下限提高。 节点的颜色设置
让节点的颜色和degree 关联起来。
设置Fill Color
degre越大则颜色越深反之则越浅。设置方法同理 基因选择
可以鼠标选择图中的节点配合快捷键
还可以在Node Table 列表中进行选择基因名称然后右击鼠标功能菜单中选择图中的节点。 基因节点的排列样式
目前节点已经设置完毕边可以根据需要继续设置方法类似。
现在图形的样式排布比较随意可以将节点按照环形或者方形进行排列。
Layout -Grid layout
可以选择部分节点也可以直接对所有节点进行操作。 设置环形结构 复杂的环形结构排列
上面形状有了但是由于本例中节点的数量的太多还可以继续美化。 选择degree前10个基因先绘制一个圆形再绘制其他基因。可以迭代多个圆形。
选择了三组degree 分段后的基因生成了三个圆形下面进行排列 使用 Layout Tool 进行图形排列
打开layout Tool 调整scale 放大缩小可以调整圆环的距离。 如果缩小至最测了,仍然需要缩小可以点击重置比例。比例又会回到1。 最终调整完毕 导出文件 可以导出session项目文件后续可以继续编辑可以导出图片再论文中使用。
以上绘图共做就完成了SCI 指日可待。
