宿州市住房 建设 官方网站,自学黑客编程入门,16素材网,温州商城网站建设1写在前面 不知道各位小伙伴的五一假期过的在怎么样#xff0c;可怜的我感冒了。#x1f637; 今天继续之前没有写完的列线图教程吧#xff0c;再介绍几个制作列线图的R包。#x1f920; 2用到的包 rm(list ls())library(tidyverse)library(survival)library(rms)library(… 1写在前面 不知道各位小伙伴的五一假期过的在怎么样可怜的我感冒了。 今天继续之前没有写完的列线图教程吧再介绍几个制作列线图的R包。 2用到的包 rm(list ls())library(tidyverse)library(survival)library(rms)library(nomogramEx)library(hdnom)library(survey)library(SvyNom) 3nomogramEx包 首先我们介绍一下nomogramEx包其实这个包并不是用于制作列线图的但还是和大家介绍一下吧还是比较有用的。 nomogramEx包可以从一个nomogram中提取多项式方程用来计算每个变量的点数和总点数对应的生存概率。 它的主要函数是nomogramEx()参数有nomo、np和digit2可以用来简化nomogram的应用和解读。 3.1 生成示例数据 n -1000age - rnorm(n,50,10)sex - factor(sample(c(female,male),n,T))sex - as.numeric(sex)ddist - datadist(age,sex)options(datadistddist)cens - 15*runif(n)time - -log(runif(n))/0.02*exp(.04*(age-50).8*(sexFemale))death - ifelse(time cens,1,0)time - pmin(time,cens)units(time)month 3.2 构建模型 f - cph(formula(Surv(time,death)~sexage),xT,yT,survT,time.inc3)surv - Survival(f) 3.3 绘制列线图 nomo - nomogram(f, funlist(function(x) surv(3,x),function(x) surv(6,x)), lpT, funlabelc(3-Month Survival Prob,6-Month Survival Prob))plot(nomo) 3.4 提取公式 nomogramEx(nomonomo,np2,digit9) 4hdnom包 hdnom包功能非常强大我们以后再介绍它的具体用法吧今天就只介绍一下绘制列先图的函数咯。. 4.1 示例数据 data(smart)x - as.matrix(smart[, -c(1, 2)])time - smart$TEVENTevent - smart$EVENTy - survival::Surv(time, event)DT::datatable(smart) 4.2 建模 这里我们会用到一个自适应弹性网络正则化的方法引入惩罚系数alpha和lambda是一种将L1和L2正则化同时应用于线性回归的损失函数的方法以后再具体介绍吧。 suppressMessages(library(doParallel))registerDoParallel(detectCores())fit - fit_aenet(x, y, nfolds 10, rule lambda.1se, seed c(5, 7), parallel T)names(fit) 4.3 可视化 model - fit$modelalpha - fit$alphalambda - fit$lambdaadapen - fit$pen_factornom - as_nomogram( fit, x, time, event, pred.at 365 * 2, funlabel 2-Year Overall Survival Probability)plot(nom) 5SvyNomv包 5.1 示例数据 set.seed(1234)data(noNA, package SvyNom)dstr2 - svydesign(id ~1, strata ~group, prob ~inv_weight, fpc ~ssize, data noNA)dd - datadist(noNA)options(datadist dd)ss3 - c(0.05, 0.2, 0.4, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 0.95, 0.99) 5.2 可视化 mynom - svycox.nomogram(.design dstr2, .model Surv(survival, surv_cens) ~ ECOG liver_only Alb Hb Age Differentiation Gt_1_m1site lymph_only, .data noNA, pred.at 24, fun.lab Prob of 2 Yr OS)plot(mynom$nomog) 最后祝大家早日不卷!~ 点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰 往期精彩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法~ ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗 Google | 谷歌翻译崩了我们怎么办附完美解决方案 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~ RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定~ rms | 批量完成你的线性回归 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图 Network | 高颜值动态网络可视化工具 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图 linkET | 完美解决ggcor安装失败方案附教程 ...... 本文由 mdnice 多平台发布
