漯河做网站哪家好,花桥网站建设公司,苏州市住房和城乡建设局信息网站,制作网站规划书创作日志#xff1a; 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件#xff0c;需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令#xff0c;使用起来比想象中简单。 一、下载Juicer tools 注意#xff1a;使用Juicer tools的前提…创作日志 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令使用起来比想象中简单。 一、下载Juicer tools 注意使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦
网址Juicer tools jar包下载官网 我不知道有什么具体区别下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作直接就可以用。 二、dump命令讲解
1. juicer_tools dump 用法1——提取观测值或期望值 参数 [ observed/oe ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr1 ][:x1:x2] [ chr2 ][:y1:y2] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] 参数解释 • [observed/oe] 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。 • [NONE/VC/VC_SQRT/KR] 选择归一化选项 NONE无归一化 VCVector Correction 归一化 VC_SQRTSquare Root Vector Correction 归一化 KRKnight-Ruiz 归一化 • [hicFile(s)] 输入的 .hic 文件路径。 • [chr1][:x1:x2] 第一个染色体及其范围例如 chr1:0:100000。 • [chr2][:y1:y2] 第二个染色体及其范围例如 chr2:0:100000也可以是相同的染色体。 • [BP/FRAG] 选择单位基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。 • [binsize] 分辨率例如 10000 表示 10kb。 • [outfile] 输出文件路径可选。
2. juicer_tools dump 用法2——提取归一化或期望值
参数 [ norm/expected ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr ] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] 参数解释 • [norm/expected]选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。 • [NONE/VC/VC_SQRT/KR]选择归一化选项同上。 • [hicFile(s)]输入的 .hic 文件路径。 • [chr]染色体。 • [BP/FRAG]选择单位基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。 • [binsize]分辨率。 • [outfile]输出文件路径可选。
3. juicer_tools dump 用法3——提取染色质环loop或域domain信息
参数 [ loops/domains ] [ hicFile URL] [ outfile (可选) ]参数解释 • [loops/domains]选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。 • 输入的 .hic 文件 URL。 • [outfile]输出文件路径可选。
三、使用实例
打开Windows cmd输入java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数 即可完成转换
拿我的举个例子 最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件 打开内容是这样的
