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什么是 OpenClinica #xff1f; OpenClinica 是世界上第一个商业开源临床试验软件#xff0c;主要用于电子数据捕获#xff08;EDC#xff09;和临床数据管理#xff08;CDM#xff09;。它的设计旨在优… 本文是为帮网友 A萤火虫 解决安装问题做的记录 简介
什么是 OpenClinica OpenClinica 是世界上第一个商业开源临床试验软件主要用于电子数据捕获EDC和临床数据管理CDM。它的设计旨在优化临床试验的工作流程提供智能且安全的解决方案。凭借其基于开放标准构建的优势OpenClinica 在临床试验领域内迅速崛起成为众多研究者和机构青睐的解决方案。不仅促进了数据的透明性和可访问性还通过提供丰富的 API 接口和工具集增强了软件的实用性和灵活性。 主要功能
构建研究支持研究的设计和实施。创建电子病例报告表eCRFs便于数据输入和管理。监控和管理临床数据提供数据审核跟踪和电子签名功能。角色基础访问控制确保数据访问的安全性和合规性。数据导入/导出方便进行数据分析和报告生成。
开源特性
OpenClinica 采用 GNU LGPL 许可证允许用户自由使用、修改和分发软件促进社区协作和创新。
该平台被广泛应用于生物技术、制药、学术机构等领域支持数千个临床研究项目。
说明
OpenClinica 的源码已经有 2 年没更新了能找到的镜像基本上都是 6~7 年以前的应网友要求只要部署运行即可估计也就是想看看功能所以版本并不重要。 安装
在群晖上以 Docker 方式安装。
软件部署涉及多容器所以采用 docker-compose 安装方式比较简单
init-db.sh
原始 init-db.sh 的内容如下但在重复执行时会显示错误 所以增加了个判断只有在角色不存在时再创建。将下面的内容保存为 init-db.sh 文件
#!/bin/bash
set -epsql -v ON_ERROR_STOP1 --username $POSTGRES_USER -EOSQLDO \$\$BEGINIF NOT EXISTS (SELECT 1 FROM pg_roles WHERE rolname clinica) THENCREATE ROLE clinica LOGIN ENCRYPTED PASSWORD clinica SUPERUSER NOINHERIT NOCREATEDB NOCREATEROLE;END IF;END\$\$;CREATE DATABASE openclinica WITH ENCODINGUTF8 OWNERclinica;
EOSQLdocker-compose.yml
将下面的内容保存为 docker-compose.yml 文件
version: 3.8services:postgres:image: postgres:9.5container_name: oc-dbrestart: unless-stoppedvolumes:- ./data:/var/lib/postgresql/data- ./init-db.sh:/docker-entrypoint-initdb.d/init-db.sh# ports:# - 5436:5432environment:POSTGRES_USER: clinicaPOSTGRES_PASSWORD: postgres123POSTGRES_DB: openclinicaPOSTGRES_INITDB_ARGS: -E UTF-8 --localePOSIXopenclinica:image: piegsaj/openclinica:oc-3.13container_name: oc-apprestart: unless-stoppedvolumes:- ./ocdata:/usr/local/tomcat/openclinica.dataports:- 8386:8080environment:LOG_LEVEL: INFOTZ: Asia/ShanghaiDB_TYPE: postgresDB_HOST: postgresDB_NAME: openclinicaDB_USER: clinicaDB_PASS: postgres123DB_PORT: 5432SUPPORT_URL: https://www.openclinica.com/community-edition-open-source-edc/然后执行下面的命令
# 新建文件夹 openclinica 和 子目录
mkdir -p /volume1/docker/openclinica/{data,ocdata}# 进入 openclinica 目录
cd /volume1/docker/openclinica# 将 docker-compose.yml 和 init-db.sh 放入当前目录# 一键启动
docker-compose up -d运行
软件的初始化需要一点时间 在浏览器中输入 http://群晖IP:8386/OpenClinica
如果你看到的是下面这样的大概率是数据库设置有问题例如
oc-db | FATAL: database openclinica does not exist正常的话应该能看到登录界面 默认的账号密码root/12345678 第一次需要重置密码 登录成功后的主界面 接下来就交给专业人员使用了
参考文档 OpenClinica/OpenClinica: OpenClinica is the world’s first commercial open source clinical trial software for Electronic Data Capture (EDC) Clinical Data Management (CDM). 地址https://github.com/OpenClinica/OpenClinica 在 Linux 上安装 OpenClinica v3.6 及更高版本 · OpenClinica/OpenClinica Wiki 地址https://github.com/OpenClinica/OpenClinica/wiki/Install-OpenClinica-v3.6-and-higher-on-Linux OpenClinica Installation and Upgrade Guides - OpenClinica Reference Guide 地址https://docs.openclinica.com/3-1/installation/ piegsaj/openclinica-Docker 镜像 | Docker Hub 地址https://registry.hub.docker.com/r/piegsaj/openclinica JensPiegsa/OpenClinica: Dockerfile for OpenClinica. 地址https://github.com/JensPiegsa/OpenClinica/
