领先的手机网站设计,wordpress 腾讯地图插件,手工活接单在家做有正规网站吗,济南营销型网站建设哪家好Orca#xff08;ORbit Counting Algorithm#xff09;是一种用于对网络中的小图进行计数的有效算法。它计算网络中每个节点的节点和边缘轨道#xff08;4 节点和 5 节点小图#xff09;。 orca是一个用于图形网络分析的工具#xff0c;主要用于计算图中的 graphlets#…OrcaORbit Counting Algorithm是一种用于对网络中的小图进行计数的有效算法。它计算网络中每个节点的节点和边缘轨道4 节点和 5 节点小图。 orca是一个用于图形网络分析的工具主要用于计算图中的 graphlets图形子结构和 orbits轨道。 主要功能 计算图中的 graphlets小型子图模式分析节点或边的轨道orbits用于复杂网络的结构分析 具体用途 网络特征提取帮助理解网络的局部结构特征网络比较可以用来比较不同网络的结构相似性节点角色分析分析网络中节点的局部拓扑结构 两种分析模式 node分析节点的轨道特征edge分析边的轨道特征 Graphlet 大小 4分析 4 个节点构成的子图模式5分析 5 个节点构成的子图模式
举个例子
在社交网络分析中可以用它来发现网络中的特殊结构模式在生物网络中可以用来分析蛋白质相互作用网络的结构特征
关于ORCA (Orbit Counting Algorithm) 的重要文献和资源 主要论文 标题A combinatorial approach to graphlet counting1发表于Bioinformatics 期刊作者Tomaz Hocevar 和 Janez Demsar这篇论文详细介绍了 ORCA 算法的原理和实现 算法特点 比传统方法快一个数量级专门用于计算图中的 graphlets 和 orbits支持 4 节点和 5 节点的 graphlet 分析 扩展研究 还有一篇后续论文Combinatorial algorithm for counting small induced graphs and orbits3这篇论文进一步扩展了算法的应用范围 代码实现 在 Code Ocean 平台上有完整的实现和示例2包含了详细的使用说明和示例数据该项目提供了软件用于轻松复制 PLOS ONE https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171428 中发布的用于计算小诱导图和轨道的论文组合算法的结果。该界面提供三种类型的实验 计数 计算给定网络中 k 节点k4 或 5小图形的轨道。orbit counts 在 output file 中提供。run.sh Count k networkorbits.txt 比较 将 Orca 对节点和边缘轨道进行计数的速度与暴力枚举进行比较。用于复制表 2 和表 3。请参阅 中报告的执行时间。run.sh Compare krun.sh Compare 4run.sh Compare 5Output 绘图 运行实验并绘制一个图来说明多项式时间复杂度如图 9 所示。run.sh Plotplot.png orca.exe [orbit type] [graphlet size] [input file] [output file] 参数说明
1. orbit type: - node: 计算节点轨道 - edge: 计算边轨道
2. graphlet size: - 4: 使用4节点的graphlet - 5: 使用5节点的graphlet
3. input file: - 输入图文件格式每行两个数字表示一条边的两个端点 - 节点编号从0开始
4. output file: -输出文件包含轨道计数结果
示例输入文件格式
0 1
1 2
2 3
3 0
这表示一个四边形图有四个节点0-3和四条边。
orca.exe 需要四个参数
orbit type: 选择 node 或 edgegraphlet size: 选择 4 或 5input file: 输入图文件的路径output file: 输出文件的路径
例如如果你要分析节点轨道使用大小为 4 的 graphlet命令应该是
orca.exe node 4 input_graph.txt output_graphlets.txt reference: Orca - Graphlet 和轨道计数算法 |代码海洋
Combinatorial algorithm for counting small induced graphs and orbits | PLOS ONE
combinatorial approach to graphlet counting | Bioinformatics | Oxford Academic
