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经过一段时间的文献阅读和资料查询#xff0c;终于找到了一个好用而且简单的包…一、概述
在近半年中我读了很多的高分SCI文章很多文章中都有多种不同的火山图包括「普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息的火山图」
经过一段时间的文献阅读和资料查询终于找到了一个好用而且简单的包——ggVolcano 它是一个基于R语言和ggplot2绘图包开发的生物信息学数据可视化工具。它可以用于绘制火山图Volcano plot帮助研究者分析高通量实验数据如基因表达谱或蛋白质组学数据以识别差异表达或差异富集的基因或蛋白质。
二、数据集
1. 安装及使用
由于无法直接安装ggVolcano我们需要下载devtools,通过devtools直接从github下载代码如下
# 下载器
install.packages(devtools)
library(devtools)
# 火山图
devtools::install_github(BioSenior/ggvolcano)
library(ggvolcano)
# 拼图
install.packages(patchwork)
library(patchwork)
# 渐变色色彩修改
install.packages(RColorBrewer)
library(RColorBrewer)
2. 读取数据
首先我们需要读取aSAH数据集查看数据集信息
data(deg_data)
head(deg_data,3)
数据集展示 row baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj
GCR1 GCR1 7201.5782 2.244064 0.2004959 11.19256 4.434241e-29 2.153711e-25
OPI10 OPI10 1009.4171 -2.257454 0.2096469 -10.76789 4.880607e-27 1.185255e-23
AGA2 AGA2 249.1173 3.829474 0.3623263 10.56913 4.143136e-26 6.707736e-23
三、基础用法
ggVolcano绘制的火山图可以根据指定的差异表达或统计显著性阈值将基因或蛋白质标记为显著差异的或富集的例如p值小于0.05或fold change大于2并且根据其差异表达或显著性水平值的高低用颜色或大小进行编码。此外它还支持在图中显示用户自定义的标注、注释或基因集富集分析结果以帮助观察者更好地理解和解释结果。该包主要配置了三个函数
1. 普通火山图ggvolcano
方法参数解释result: DEG结果数据。
x: 对应于x轴的列名默认为“log2FoldChange”。
y: 对应于y轴的列名默认为“padj”。
pointSize: 点的大小。
pointShape: 点的形状。
fills: 包含点的填充颜色的向量。
colors: 包含点的画笔颜色的向量。
x_lab: x轴的标签。
y_lab: y轴的标签。
legend_title: 图例的标题。
legend_position: 图例的位置。您可以从“UL”–左上“UR”–右上“DL”–左下和“DR”–右下中选择一个位置。
log2FC_cut: log2FC的截止值。
FDR_cut: FDR的截止值。
add_line: 一个逻辑值表示是否添加虚线默认值为TRUE。
add_label: 一个逻辑值表示是否添加基因标签默认值为TRUE。
label: 对应于标签的列名。
label_number: 您想在图中显示多少基因标签。
custom_label: 包含您感兴趣的基因名称的向量您想要添加到图中。
output: 一个逻辑值表示是否保存图片默认值为TRUE。
filename: 如果outputTRUE请设置一个文件名。代码演示data - add_regulate(deg_data, log2FC_namelog2FoldChange,fdr_name padj,log2FC 1, fdr 0.05)
ggvolcano(data, x log2FoldChange, y padj,label row, label_number 10, output FALSE) 火山图样式修改
p1 - ggvolcano(data, x log2FoldChange, y padj,fills c(red,green,blue),colors c(red,green,blue),label row, label_number 8, output FALSE)p2 - ggvolcano(data, x log2FoldChange, y padj,label row, label_number 8, output FALSE,legend_positionDR)ggsci::scale_color_aaas()ggsci::scale_fill_aaas()
p1|p2 2. 渐变色火山图gradual_volcano
方法参数解释result: DEG结果数据。
x: 对应于x轴的列名默认为“log2FoldChange”。
y: 对应于y轴的列名默认为“padj”。
pointSize: 点的大小。
pointShape: 点的形状。
fills: 包含点的填充颜色的向量。
colors: 包含点的画笔颜色的向量。
x_lab: x轴的标签。
y_lab: y轴的标签。
legend_title: 图例的标题。
legend_position: 图例的位置。您可以从“UL”–左上“UR”–右上“DL”–左下和“DR”–右下中选择一个位置。
log2FC_cut: log2FC的截止值。
FDR_cut: FDR的截止值。
add_line: 一个逻辑值表示是否添加虚线默认值为TRUE。
add_label: 一个逻辑值表示是否添加基因标签默认值为TRUE。
label: 对应于标签的列名。
label_number: 您想在图中显示多少基因标签。
custom_label: 包含您感兴趣的基因名称的向量您想要添加到图中。
output: 一个逻辑值表示是否保存图片默认值为TRUE。
filename: 如果outputTRUE请设置一个文件名。代码演示
gradual_volcano(deg_data, x log2FoldChange, y padj,label row, label_number 10, output FALSE,legend_title) 火山图样式修改
这里不能直接修改颜色了需要引入RColorBrewer包用来调整色彩。 p1 - gradual_volcano(data, x log2FoldChange, y padj,fills brewer.pal(5, RdYlBu),colors brewer.pal(10, RdYlBu),label row, label_number 10, output FALSE,legend_title)p2 - gradual_volcano(data, x log2FoldChange, y padj,label row, label_number 10, output FALSE,legend_title)ggsci::scale_color_gsea()ggsci::scale_fill_gsea()
p1|p2 3. GO通路火山图term_volcano
参数和样式修改方法和上述两个方法类似不再赘述接下来展示基础使用方法
data(term_data)term_volcano(deg_data, term_data,x log2FoldChange, y padj,label row, label_number 10, output FALSE,legend_background_fill green) 本文由博客一文多发平台 OpenWrite 发布
