潍城营销型网站建设,云服务器上建网站,wordpress文章添加目录,做网站时怎么选择数据库类型01 Skewer 介绍
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Skewer来自于 SourceForge实现了一种基于位掩码的 k-差异匹配算法专门用于接头修剪特别设计用于处理下一代测序NGS双端序列。
fastp安装及使用-fastp v0.23.4bioinfomatics tools-002-CSDN博客
特性
检测并去除接头序列支持模式匹配中的插入和删除适用于单端、双端PE和长配对LMP读取对带条形码的测序结果进行去重支持多线程基于 Phred 质量分数进行修剪支持条形码和接头中的 IUPAC 字符支持压缩输入和输出支持从二进制文件安装
02 安装
2.1 从二进制文件安装 将 skewer 复制到你喜欢的 BIN 目录并确保正确设置 PATH 环境变量。例如 $ mkdir -p ~/bin
$ cp -p skewer ~/bin/
$ echo export PATH~/bin:$PATH ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc2.2 从源代码安装 进入源代码目录然后运行以下命令 $ make
$ sudo make install03 Skewer 使用说明
Skewer一个快速且精确的接头修剪工具适用于双端读取
使用方法
skewer [options] reads.fastq [paired-reads.fastq]或者
skewer [options] - 从 STDIN 获取输入选项说明括号中的数字为默认值
接头
-x str接头序列/文件默认AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC
-y str双端读取的接头序列/文件默认AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTA如果只指定 -x则隐式使用。
-M, --matrix str指示有效接头配对的文件所有为 1 的矩阵。
-j strNextera Mate Pair 读取的接头序列/文件默认CTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAG。
-m, --mode str修剪模式
单端head5 端tail3 端any任何位置默认tail
双端pe双端mpmate-pairapamplicon默认pe
-b, --barcode根据接头/引物去重条形码默认no
容错
-r num允许的最大错误率标准化错误数/对齐区域长度[0, 0.5]默认0.1
-d num允许的最大插入/删除错误率默认0.03
-k int接头检测的最小重叠长度 [1, inf)单端的最大值max(1, int(4-10*r))mate-pair的值为junction length/2
修剪
-c, --cut int,int强制修剪掉 5 端引物作为条形码在放大模式下默认no
-e, --cut3如果读取长度大于指定的最大长度则强制修剪掉 3 端尾部碱基默认no
过滤
-q, --end-quality int修剪 3 端直到达到指定的质量值默认0
-Q, --mean-quality int修剪前允许的最低平均质量值默认0
-l, --min int修剪后允许的最小读取长度默认18
-L, --max int修剪后允许的最大读取长度默认no limit
-n是否过滤掉高度退化的包含许多 N读取默认no
-u是否过滤掉未确定的 mate-pair 读取默认no
-N, --fillNs是否将修剪的碱基替换为 N在 b 或 -m mp 情况下无效默认no
输入/输出
-f, --format strFASTQ质量值的格式sanger|solexa|auto默认auto
-o, --output str输出文件的基本名称默认reads.trimmed
-z, --compress以 GZIP 格式压缩输出默认no
-1, --stdout重定向输出到 STDOUT禁止使用 -b、-o 和 -z 选项默认no
--qiime为 QIIME 处理准备“barcodes.fastq”和“mapping_file.txt”默认no
--quiet不显示进度更新默认not quiet
-A, --masked-output为修剪后的读取写输出文件修剪后的碱基转换为小写默认no
-X, --excluded-output为被排除的读取写输出文件默认no
其他
-i, --intelligent在 mate-pair 模式下是否根据接头信息重新分配读取默认no
-t, --threads int并发线程数 [1, 32]默认1 04 常用示例
skewer -Q 9 -t 2 -x adapters.fa sample.fastq -o trimmed
skewer -x AGATCGGAAGAGC -q 3 sample-pair1.fq.gz sample-pair2.fq.gz
skewer -x TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT -l 16 -L 30 -d 0 srna.fastq
skewer -m mp -i lmp-pair1.fastq lmp-pair2.fastq
skewer -m ap --cut 0,6 --qiime -x forward-primers.fa -y reverse-primers.fa mix-pair1.fastq mix-pair2.fastq05 引用
Jiang, H., Lei, R., Ding, S.W. and Zhu, S. (2014) Skewer: a fast and accurate adapter trimmer for next-generation sequencing paired-end reads. BMC Bioinformatics, 15, 182.
