河北专业网站建设,wordpress淘宝客教程,蛋糕店微网站,网站建设更新不及时 整改报告文章目录 概要背景知识什么是singularity ? 安装流程1. 安装Go2. 下载Singularity3. 编译Singularity源代码 4. 验证安装是否成功singularity的使用安装open structure 小结 概要
这里主要记录singularity的安装和使用#xff0c;安装过程中会出现相关的错误#xff0c;所以… 文章目录 概要背景知识什么是singularity ? 安装流程1. 安装Go2. 下载Singularity3. 编译Singularity源代码 4. 验证安装是否成功singularity的使用安装open structure 小结 概要
这里主要记录singularity的安装和使用安装过程中会出现相关的错误所以目前主要是进行记录。
背景知识
什么是singularity ?
以下这篇blog介绍了singularity容器。 浅谈Singularity容器
安装流程
安装流程看了很多文章但是主要是针对从下面的文章进行实践其中也遇到了很多问题并进行了解释。 在Linux系统下安装部署Singularity容器
Singularity容器的安装大致分为以下三个步骤
安装Go下载Singularity编译Singularity源代码
1. 安装Go
Singularity v3 及以上版本主要用 Go语言 编写所以需要安装Go才能进行源代码编译。目前可以查看官网链接,一般官网上展示的是最新版。 这里使用go1.21.3.linux-amd64.tar.gz 下载完成后解压到目标目录下并设置相应的环境变量。
tar -xzvf go1.21.3.linux-amd64.tar.gz将环境变量设置为指向Go:PATH
echo export PATHPATH to go/go/bin:$PATH ~/.bashrc \
source ~/.bashrc注意如果之前系统中已经下载安装过go程序需要将之前的删除或替换
go rm -r PATH to go/go2. 下载Singularity
从官网中下载任意一个版本Singularity,请查看Github的发布列表
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因为我安装的ubuntu的系统是Ubuntu 22.04其实更偏向于Ubuntu 22.04 (jammy)但是不太懂所以我没有试过这种直接下载的就是singularity-ce-4.0.1.tar.gz也成功了。 也可以下载其他版本
3. 编译Singularity源代码
现在你已经准备好构建Singularity了。依赖项将自动下载。您可以使用以下命令构建Singularity
# 解压
tar -xvzf singularity-ce-4.0.1.tar.gz
# 进入singularity目录下
cd singularity
# 构建Singularity
./mconfig当执行上述命令后可能会遇到下面情况 ./mconfig出现下面错误seccomp headers are required to build singularity with seccomp support
这个错误消息表明在构建Singularity时需要安装seccomp安全计算的头文件以启用seccomp支持。Seccomp是一个Linux内核的安全功能可以用来限制进程对系统调用的访问提高应用程序的安全性。
要解决这个问题你可以按照以下步骤来安装seccomp的头文件sudo apt-get install libseccomp-dev重新运行./mconfig后出现新的错误glib-2.0 header are required to build conmon
这个错误消息表明在构建 conmon 时需要安装 glib-2.0 的头文件。glib-2.0 是一个常见的C语言库用于开发Linux应用程序它提供了许多常用的功能和数据结构。
要解决这个问题你可以按照以下步骤来安装 glib-2.0 的头文件安装 glib-2.0 头文件你需要使用包管理器来安装 glib-2.0 的头文件。sudo apt-get install libglib2.0-dev重新运行./mconfig后出现新的错误fuse/fuse3libfuse/fuse3header are required to build squashfuse
这个错误消息表明在构建 squashfuse 时需要安装 libfuse 或 libfuse3 的头文件这是FUSEFilesystem in Userspace的库用于支持用户空间文件系统的开发。要解决这个问题你需要根据你的系统使用的FUSE版本来安装相应的头文件。
1。 安装 libfuse 头文件
sudo apt-get install libfuse-dev2。 安装 libfuse3 头文件
sudo apt-get install libfuse3-dev再次运行mconfig就不再出现错误会在当前builddir文件夹下出现makefile文件之后继续singularity的编译
make -C builddir \
sudo make -C builddir install需要注意的是Singularity需要在root用户下安装才能正常运行。
4. 验证安装是否成功
任何路径下直接
singularity --version如果return 相关的version,则表明成功安装
查看具体的脚本可以输入
singularity -himg src
singularity的使用
Singularity容器常用命令
安装open structure
详细的安装说明
sudo singularity build ost.img Singularitynote: 安装时间很长请确定网络良好
使用
singularity run --app OST ost.img -h比较refernece structure and predicted structure to obtain lddt:
singularity run --app OST ost.img compare-structures --model predicted.pdb --reference solution.pdb --output output.json --lddt
小结
感谢上述各种blog的支持
