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单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：

单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门

单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增

单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控

细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤，主要是进行细胞与基因的定量， cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来，使用起来也相当便捷。

1. 参考基因组和注释文件准备

1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建

参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考以下文章：

单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建人类参考基因组注释

构建完成后，GRCh38( cellranger mkref --genome 参数内容为指定输出文件夹)目录会出现以下内容。

# genes中gtf文件为.gz格式则解压
gzip -d genes.gtf.gz

# 查看genes/genes.gtf信息
grep -v '^#' genes.gtf |less -S

1.2 注释基因信息更新

1. 在fasta/genome.fa的fasta文件基础上增加序列信息；
2. 在genes/genes.gtf的gtf文件基础上增加注释信息（根据GTF文件格式）；
3. 重新执行运行cellranger mkref流程

2 cellranger count细胞定量

2.1 测序数据fastq文件命名说明

# 一般命名方式
[Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz# 其中Read Type有以下三种：
# I1: Sample index read (optional)
# R1: Read 1
# R2: Read 2# 查看rawdata目录下fastq.gz文件
ls -lh rawdata 

rawdata目录文件列表：